address2arrow-email-sendarrow-rightbtn-right-arrowbubbleclosecomment-arrow-answerenvelopeeyefriendshamburgerheartHeart copy 26heart-emptyhomehumanlikelk-bubblelk-eyeHeart copy 26lk-pencilloginnav-editnav-eyenav-newsnav-starnav-userloginnext-arrow-rightpagination-lastpagination-nextShape 19 copysearchstarstar-fulluserBriefcaseCard
24 Февраля, 2018

Идентификация мутаций резистентности микобактерий в одном картридже

Разработан тест-картридж на основе олигонуклеотидной матрицы, способный идентифицировать штаммы в комплексе M. tuberculosis, устойчивые к изониазиду, рифампицину и фторхинолонам. Метод основан на анализе кривых плавления ДНК.

Решающее значение для борьбы с туберкулезом имеет быстрая и надежная идентификация мутаций, соответствующих фенотипам множественной и широкой лекарственной устойчивости (multidrug and extensively drug-resistant, M/XDR, МЛУ, ШЛУ) в комплексе M. tuberculosis (MTBC). Существующие молекулярные тесты либо ограничены одной мишенью (например, Xpert MTB/RIF от Cepheid), либо имеют высокую вероятность кросс-контаминации (например, LPA). Исследователи из Германии разработали тест-картридж на основе олигонуклеотидной матрицы, способный идентифицировать штаммы MTBC, устойчивые к изониазиду, рифампицину и фторхинолонам. Анализ кривых плавления выявляет 43 различных мутации в регионах, определяющих резистентность к рифампицину (rifampin resistance-determining region, RRDR) и хинолону (QRDR) в течение 90 мин. Анализ надежно обнаруживает ДНК MTBC в количествах до 24 копий на реакционную смесь и работает с геномной ДНК, а также с неочищенными клеточными экстрактами.

Принцип метода следующий. Области-мишени амплифицируют с помощью мультиплексной ПЦР. Ампликоны определенного участка, несущие флуоресцентную метку, гибридизуются с таргетными олигонуклеотидными последовательностями на матрице при температуре, которая изменяется от 51 до 71 оС. При низких температурах флуоресцентную метку несут многие точки матрицы, при ее повышении распадаются сначала менее специфические взаимодействия, затем более специфические, соответственно угасает флуоресцентный сигнал (см. рисунок в статье) По форме кривой зависимости сигнала от температуры можно генотипировать изолят.

Возможности теста проверили на 265 клинических изолятах MTBC (среди них M/XDR, не-MDR и восприимчивые к антибиотикам), которые взяли из исследования резистентности, проведенного в Свазиленде в 2009 и 2010 годах. В 99,5% случаев результаты соответствовали данным, полученным ранее с помощью секвенирования по Сэнгеру. Анализ, в котором используется закрытая система картриджей в сочетании с анализатором Alere q с батарейным питанием, может быть быстрым и надежным амбулаторным тестом в тех местах, где недоступна лабораторная диагностика, тем более что в будущем возможно расширение панели. 

Источник

Juliane Havlicek et al. // Rapid Microarray-Based Detection of Rifampin, Isoniazid, and Fluoroquinolone Resistance in Mycobacterium tuberculosis by Use of a Single Cartridge. // J. Clin. Microbiol. February 2018, 56:14 e01249-17; Accepted manuscript posted online 6 December 2017, DOI: 10.1128/JCM.01249-17

Еще о микобактериях и молекулярной диагностике в Journal of Clinical Microbiology (2018, февраль)

Определение микобактерий методом полногеномного секвенирования: сравнение с традиционными методами

Гетерорезистентность Mycobacterium tuberculosis к изониазиду можно определить с помощью анализа кривых плавления ДНК

Применение квантиферонового теста для диагностики туберкулеза у детей

Российские ученые предложили быстрый метод идентификации опасного варианта генотипа «Пекин» М. tuberculosis

184
0
Лидеры мнений
Лидеры отрасли
  • FUTURE
    13
САМЫЕ ОБСУЖДАЕМЫЕ ТЕМЫ ФОРУМА
Поиск материалов по тегам