address2arrow-email-sendarrow-rightbtn-right-arrowbubbleclosecomment-arrow-answerenvelopeeyefriendshamburgerheartHeart copy 26heart-emptyhomehumanlikelk-bubblelk-eyeHeart copy 26lk-pencilloginnav-editnav-eyenav-newsnav-starnav-userloginnext-arrow-rightpagination-lastpagination-nextShape 19 copysearchstarstar-fulluserBriefcaseCard
10 Июня, 2018

Воскресное чтение. Обзор научной периодики за 3–9 июня

Иммунизация против ВИЧ-1, вирус гепатита Б, электросенсорные системы акул и скатов, геномный атлас протеома плазмы крови, искусственный прион, поиск геномных ассоциаций для склонности к макулодистрофии и агрессии при употреблении марихуаны, биоинформатические инструменты и веб-сервисы.

Художник: Саша Кук

Художник: Саша Кук

Периодику изучала Надежда Кузнецова

1. Вот уже более 30 лет ученые ищут антигены, которые бы вызывали выработку нейтрализующих антител против вируса иммунодефицита человека. Наконец, на этой неделе Nature Medicine сообщает, что группе американских исследователей удалось выделить иммуногенный эпитоп в гибридном пептиде (fusion peptide) ВИЧ-1. У мышей этот иммуноген способствовал выработке нейтрализующих антител, которые обезвреживали более 31% из 208 штаммов вируса. Иммунизация морских свинок и макак-резусов также показала хорошие результаты. Полученные результаты позволяют оценивать этот эпитоп гибридного пептида в качестве кандидата для создания вакцины против ВИЧ-1.

2. Другая группа американских ученых изучала строение капсида вируса гепатита Б. В журнале Elife опубликована работа, авторы которой с помощью молекулярного моделирования динамики и реконструкции изображения капсидных конформаций показали, что лабильность капсида может представлять собой главный ограничивающий фактор для электронной криомикроскопии. Исследование раскрывает ранее не известные подробности о структуре капсида вируса.

3. Статья в Gene — о том, как инфицирование матерей вирусом гепатита Б влияет на эпигенетический профиль у новорожденных. Оказывается, при внутриутробном инфицировании вирус меняет уровень метилирования регуляторных областей генов KLHL35 и CPT1B. Эти гены играют роль в развитии гепатоцеллюлярной и колоректальной карциномы, а также в окислении жирных кислот. Статус метилирования этих генов может быть использован в качестве биомаркера пренатального инфицирования вирусом гепатита Б.

4. Изучению электросенсорных систем у акул и скатов посвящена статья в Nature. У этих архаичных хрящевых рыб есть органы, позволяющие им обнаруживать слабые электрические поля. Авторы анализируют электросенсорные клетки акулы и ската, чтобы определить, могут ли различия в физиологических свойствах этих клеток способствовать сенсорной настройке, соответствующей характерному поведению вида. Оказалось, что акулы и скаты для регуляции активности этих клеток используют похожие кальциевые, но разные калиевые каналы.

5. Другая работа, опубликованная в Nature, представляет результаты международной группы ученых — создание геномного атласа протеома плазмы крови человека. В рамках исследования INTERVAL (оно проводилось Кембриджским университетом с 2012 по 2016 года с целью определения оптимального интервала между донациями крови для доноров) авторы идентифицировали 1927 генетических ассоциаций с 1478 белками — в четыре раза больше, чем было известно ранее. Предложенный авторами комплексный подход, связывающий генетические вариации с клеточными сигнальными путями, заболеваниями и базами лекарственных препаратов, может быть использован для поиска потенциальных терапевтических мишеней и оценки безопасности для разрабатываемых препаратов.

6. Прионная болезнь описана у человека достаточно давно, однако до сих пор ускользает от терапии. Nature Communications сообщает, что исследователи университета Кейс Вестерн резерв синтезировали первый искусственный прион человека. Это открывает двери для более полного понимания разрушительного действия прионов, механизмов развития заболевания, и, возможно, для появления лекарства.

7. Результаты исследования геномных ассоциаций (GWAS) представленные в PNAS,  показали, что G аллель гена CFH (complement factor H) rs800292 является аллелем риска для развития возрастной макулодистрофии, тогда как аллель A связана с центральной серозной ретинопатией у японцев. Работа углубляет понимание патофизиологических различий между центральной серозной ретинопатией и возрастной макулодистрофией.

GWAS-исследование, опубликованное в Molecular Рsychiatry, посвящено изучению связи вариабельности серотонинового рецептора HTR2B со склонностью к агрессивному поведению при употреблении марихуаны среди афроамериканцев и евроамериканцев. Оказалось, что афроамериканцы — носители rs17440378 более склонны к проявлению агрессии. Для американцев европейского происхождения статистически достоверную связь выявить не удалось, так как выборка была меньше.

8. Как всегда, много интересных публикаций по биоинформатике. Исследователи из университета Экс-Марсель (Франция) разработали новый программный инструмент для выявления мутаций, вызывающих развитие заболеваний. Как сообщает Nucleic Acids Research, Variant Annotation and Filtration Tool (VarAFT) — это инструмент для обработки результатов NGS. В дополнение к аннотациям от dbNSFP, VarAFT включает информацию разных баз данных, так, по болезням — OMIM, по фенотипам — HPO, по генам — Gene Ontology, по сигнальным путям — Reactome, KEGG и PID, а по уровням вариаций — UMD-Predictor и Human Splicing Finder. VarAFT находится в свободном доступе.

Команда университета Осло разработала веб-сервис Coloc-stats, который использует различные инструменты для колокализационного анализа (геномные перекрытия и определение геометрического расстояния между регионами). Coloc-stats также есть в свободном доступе.

Ученые корейской компании Синтекабио  разработали новый алгоритм, ADIScan2 позволяющий непосредственно сравнивать два набора результатов NGS.

Команда китайских исследователей в журнале Methods представила подход для интеграции множества генных сетей с данными GWAS для определения приоритетности генов-кандидатов сложных заболеваний. Подход получил название REGENT (сокращение от integRating Embeddings of multiple GEne NeTworks). Нетворк в свободном доступе.

9. Китайские ученые обнаружили белок, который регулирует уровень холестерина, всасываемого в кишечнике. Предметом исследования послужили экзомы китайских казахов — для них характерен очень низкий уровень холестерина. Было установлено, что у носителей наследуемой мутации со сдвигом рамки считывания гена LIMA1 образуется укороченная форма белка, в результате нарушается всасывание холестерина в кишечнике, а, следовательно, и его поступление в кровь. Таким образом, LIMA1 — перспективная мишень для регулирования уровня холестерина. Работа опубликована в Science.

10. Команда исследователей из Бельгии и Техаса разработала подход к редактированию с помощью технологии CRISPR, не требующий создания уникальных гидРНК (gRNA). Работоспособность новой технологии для начала показана на Escherichia coli. Подробности в Nature Communications.

11. Новости молекулярной диагностики. MDxHealth сообщила о подписании соглашения с Philips о правах на производство и продажу диагностического теста, обнаруживающего биомаркер рака предстательной железы — фосфодиэстеразу-4Д7 (PDE4D7). Финансовые условия соглашения не разглашаются. Соглашение позволит MDxHealth подготовить запуск теста InformMDx, тест будет выявлять биомаркер PDE4D7 в тканях опухоли. Компания считает, что InformMDx поможет клиницистам принимать решения о схемах терапии после биопсии, а также после простатэктомии.

Также на этой неделе Philips представила OncoSignal — анализ, который может определить активность сигнального пути в различных видах раков, такая информация может быть крайне полезна для выбора терапии. В настоящее время корпорация внедряет количественные наборы для анализа, которые определяют уровень транскрипции ключевых для опухолей сигнальных молекул. OncoSignal может использоваться для определения активности эстрогеновых и андрогеновых рецепторов, FOXO /PI3K, Hedgehog, Wnt, TGF-β, и Notch. Кроме того, Philips намерена добавить к набору AP1, PR, JAK / STAT и NF-κB.

Немецкая компания по разработке многокомпонентных технологий Centogene объявила о сотрудничестве с медицинскими факультетами университетов Грайфсвальда и Ростока. Предмет сотрудничества — разработка диагностических инструментов для мониторинга персонализированной иммунологической терапии опухолей толстой кишки и поджелудочной железы.

В конце прошлой недели FDA смягчило требования для производителей тестов direct-to-consumer (тесты, которые клиент может приобрести сам, без назначения врача, как, например, продукция компании 23&me) на выявление генетических предрасположенностей к заболеваниям. Теперь для того, чтобы начать коммерциализацию нового теста, достаточно получить предварительное разрешение. Новое правило не распространяется на тесты, предназначенные для пренатального тестирования, определения предрасположенность к раку, оценки фармакогеномики и определения наличия детерминированных аутосомных доминантных вариантов.

AutoGenomics на этой неделе заявила, что ее Infiniti Neural Response Panel — геномный тест, который определяет степень риска развития зависимости от опиоидов, — вошел в программу Breakthrough Devices, проводимую FDA. В рамках этой программы FDA будет способствовать ускорению выхода теста на рынок.

Изображение на баннере: eLife. 2018; 7: e32478. doi:  10.7554/eLife.32478


196
0
Лидеры мнений
Лидеры отрасли
  • FUTURE
    13
САМЫЕ ОБСУЖДАЕМЫЕ ТЕМЫ ФОРУМА
Поиск материалов по тегам