address2arrow-email-sendarrow-rightbtn-right-arrowbubbleclosecomment-arrow-answerenvelopeeyefriendshamburgerheartHeart copy 26heart-emptyhomehumanlikelk-bubblelk-eyeHeart copy 26lk-pencilloginnav-editnav-eyenav-newsnav-starnav-userloginnext-arrow-rightpagination-lastpagination-nextShape 19 copysearchstarstar-fulluserBriefcaseCard
4 Октября, 2018

Молекулярная диагностика-2018. День второй: секции

Инфекции органов репродукции, массовое параллельное секвенирование (NGS); диагностика, эпидемиология и лечение туберкулеза; трансфузиология и трансплантология; инфекционные патологии желудочно-кишечного тракта; внутрибольничные инфекции и проблемы антибиотикорезистентности.
Отчет о пленарном заседании и пресс-брифинге
Отчет о секциях первого дня

Художник: Саша Кук

Художник: Саша Кук

Елена Клещенко, Алексей Торгашев, при участии Марии Альварес Фигероа

Современные подходы к молекулярной диагностике инфекций органов репродукции

Святослав Плавинский (Северо-Западный государственный медицинский университет им. И.И. Мечникова МЗ РФ, Санкт-Петербург) сделал доклад на тему «Дизайны исследований для изучения социально значимых инфекций в труднодоступных группах».

Докладчик рассказал о проблемах формирования выборок для исследования ИППП в так называемых «скрытых группах» — у сексработниц; мужчин, практикующих секс с мужчинами; потребителей инъекционных наркотиков. Часто исследователи формируют «выборку удобства», то есть проверяют инфицированность среди тех, кто пришел проверяться самостоятельно. Но в силу множества факторов этот подход дает неверную статистику, часто отличающуюся в разы от реальной. Более точные данные можно получить, используя адаптивный дизайн, например, «метод снежного кома», когда выборку формирует исследователь. Один из вариантов адаптивного дизайна, использованный коллективом автора, — выборка, формируемая респондентами (первого просят пройти интервью, затем ему дают три талончика, чтобы он привел знакомых за вознаграждение, затем круг повторяется).

«Мы проводили биоповеденческое исследование в нескольких регионах России и всюду этими методами достигли количества волн от 6 и больше», — сообщил докладчик. По полученным данным выяснилось, что примерно половина инфицированных в группах риска не знают об этом.

Заслуженный деятель науки РФ Алевтина Савичева (НИИ акушерства, гинекологии и репродуктологии им. Д.О. Отта, Санкт-Петербург) рассказала об инновационных методах диагностики репродуктивно значимых инфекций.

Докладчица рассказала о преимуществах молекулярных методов диагностики, однако подчеркнула, что начинать с молдиагностики не следует, нужно оценить микробиоценоз влагалища, цервикального канала и уретры.

«Но для гонококка у женщин микроскопия дает 30% чувствительности, так же и посев. Для мужчин несколько выше, — сказала она. — Для определения гонококка нужно использовать методы амплификации. Посев нужен, чтобы определить резистентность к антибиотику».

Савичева подчеркнула проблему с диагностикой трихомониаза: «Она обратная — гипердиагностика. Регистрируем трихомонаду там, где ее нет. Как можно выделить в культуре неподвижную трихомонаду? А ведь для диагностики есть молекулярные тесты».

Аналогичная ситуация с бактериальным вагинозом (БВ). Из 124 женщин с диагнозом врача БВ обнаружился только у 42.

Хламидиоз надежно выявляется только молекулярными методами, а Mycoplasma genitalium если и растет на питательных средах, то не менее 50 дней, соответственно, тоже требует выявления амплификацией. Как лучшее диагностическое решение докладчица предложила отечественный тест «Флороценоз».

Александр Гущин (ФБУН ЦНИИЭ Роспотребнадзора, Москва) сделал доклад на тему «Синдромально обусловленный подход к использованию молекулярных методов диагностики инфекций, передаваемых половым путем».

Юрий Тюленев (ФБУН ЦНИИЭ Роспотребнадзора, Москва) рассказал о проблеме экстрагенитальной локализации ИППП и тактике обследования пациентов, подчеркнув, что у мужчин, практикующих секс с мужчинами, мазки надо брать из ротовой полости и ануса.

О генетическом и генотипическом разнообразии штаммов Chlamydia trachomatis, выявляемых в мазках-соскобах из урогенитального тракта, рассказала Людмила Рубаник (Республиканский НПЦ эпидемиологии и микробиологии, Минск).

«Возбудитель генетически разнороден, и для него показана возможность рекомбинации», — сообщила докладчица. Генетическое разнообразие и противодействие иммунной системе обеспечивает полиморфизм гена ompA. Рассказывая о собственных исследованиях, Рубаник сказала, что в Беларуси выявлен так называемый шведский вариант с делецией в диагностическом регионе, однако в небольших количествах в выборке. В целом, по словам докладчицы, в России и Беларуси инфицированность падает, в остальном мире растет либо остается стабильной, что может говорить как о реальных успехах, так и о недостатках мониторинга.

Ольга Шипулина (ФБУН ЦНИИЭ Роспотребнадзора, Москва) в докладе «Новые методы и современные алгоритмы цервикального скрининга, какая стратегия наиболее эффективна?» сравнила различные методы скрининга папилломавирусной инфекции, отдельно остановившись на тесте «АмплиСенс» для выявления 14 типов вируса папилломы человека высокого риска.

Елена Гапеенко (Республиканский НПЦ онкологии и медицинской радиологии им. Н.Н. Александрова, Минск) сделала доклад на тему «ВПЧ-тестирование. Опыт РНПЦ онкологии и медицинской радиологии им. А.А. Александрова». Докладчица рассказала о программе скрининга в Беларуси на рак шейки матки. После окончания пилотного проекта намечено в 2019 году провести скрининг 2 200 тыс. женщин.

Новейшие разработки в области массового параллельного секвенирования (NGS) в генетической диагностике

Камиль Хафизов (ЦНИИЭ Роспотребнадзора, Москва) выступил с докладом о широком применении технологий NGS в биологии и медицине. В частности, он рассказал о проекте по изучению двух временных пластов русской истории, до Золотой Орды и после, о том, как изменился этнический состав населения Ярославля. Искали в том числе и древние патогены, потому что на костях были характерные изменения, которые вызывают лепра и туберкулез, однако патогенов не нашли. Но при этом обнаружили много почвенных бактерий, живущих в очень загрязненных почвах. Оказалось, что там же, где были раскопки, ранее находилась мануфактура по производству красок, очень ядовитое производство. Также докладчик затронул проект, совместный со Сколтехом, по анализу продуктов питания растительного происхождения. Он рассказал о том, как используются технологии NGS для изучения состава чая. «То, что вы завариваете — далеко не всегда то, что написано на коробочке. А попутно там еще много плесневых грибов обычно, так что вы завариваете грибы», — пояснил Хафизов.

Олег Гусев (RIKEN-KFU Translational Genomics Unit, RIKEN, Япония) рассказал о консорциуме MUSCLE-FANTOM — это первый консорциум по геномике, которым руководят русские исследователи. Среди задач, которые стоят перед консорциумом, —исследование методами NGS регуляторных механизмов формирования и ремоделинга мышц человека, создание атласа активности промоторов и энхансеров транскрипции РНК в мышечной ткани в норме и при патологии. Теперь приходит понимание, что значительная часть клинически важных мутаций находится не в кодирующих областях, которые обычно секвенируют, а, например, в сильно удаленных от них энхансерах, и эти мутации крайне важны для диагностики. Фактически происходит смена парадигмы. Ожидается, что результаты работы консорциума найдут применение в медицинской и спортивной генетике.

Тема доклада Алины Мацвай (ЦНИИЭ Роспотребнадзора, Москва) — поиск вирусных патогенов в биологических образцах с помощью NGS. Для ПЦР в реальном времени необходимо знать заранее или хотя бы предполагать, что мы можем найти в данном образце, чтобы использовать праймеры к определенной последовательности. Выявлять не известного заранее возбудителя можно с помощью NGS, но нет смысла секвенировать всю ДНК в биообразце, где надо определить вирусы, поскольку большая ее часть принадлежит хозяину. Для решения этой задачи используются специфические зонды (ДНК-баркодинг, или штрихкодирование). Очень важно правильно выбрать маркерную область; хорошо известны в этом качестве гены 16S РНК. Однако у вирусов с их высоким разнообразием такой общей области нет, поэтому маркер выбирают для каждого рода с помощью множественного выравнивания.

Сотрудники ЦНИИЭ создали праймерную панель, которая покрывает 22 рода вирусов, для исследования вириома перелетных птиц. Задача была в том, чтобы постановкой одной ПЦР выявить максимальное число вирусных геномов. Авторы работы составили также коктейль праймеров для вирусов, переносимых клещами, уделяя особое внимание орбивирусам.

Павел Скумс (факультет информатики Университета штата Джорджия) рассказал о том, как применяются биоинформатические методы для расследования вспышек вирусных заболеваний. Прорыв в этой области произошел благодаря технологиям NGS, позволяющим получать в короткое время множество последовательностей вирусных геномов. Для вирусов характерна высокая скорость мутаций, и если представить данные графически, то вместо отдельных точек мы теперь видим разветвленные деревья: популяции вирусов, или квазивиды.

Построение таких деревьев помогает установить, кто кому передал вирус (докладчик отметил, что исследования финансируются Национальными институтами здоровья). В США вирусы гепатитов и ВИЧ активно распространяются среди наркоманов через инъекции. Задача математика — получить геномные последовательности, выявить кластеры и историю трансмиссий. Сравнительно простой случай — когда наркозависимый медработник использует шприцы, предназначенные для пациентов. Но если геномы вирусов в организме одного человека не идентичны, и другому человеку передается вирус из минорного кластера, с высокой вероятностью он не будет обнаружен и реконструировать путь передачи не удастся.

Докладчик остановился на недостатках филогенетического анализа: прежде всего, его тяжело автоматизировать, кроме того, филогенетическое дерево дает лишь приближенные пути трансмиссии. Он также рассказал об алгоритмах для подсчета расстояний между вирусными популяциями, о методах, которые используют не только геномные, но и эпидемиологические данные. Однако в случае хронических болезней эпидемиология не очень помогает, потому что время заражения часто бывает неизвестно, поэтому новое поколение алгоритмов использует только геномы вирусных популяций. Автор доклада с коллегами разработал алгоритм QUENTIN, в основе которого лежит понятие о социальной сети индивидов, контактирующих друг с другом. У такой сети есть определенные математические свойства, и если их учитывать, предсказание станет точнее.

Тема доклада Дмитрия Михайленко (Институт молекулярной медицины Первого МГМУ им. И.М. Сеченова МЗ РФ, Москва) — NGS в диагностике онкологических заболеваний. В этой области, сказал он, можно обозначить ниши, где останется секвенирование по Сэнгеру и куда придет NGS. Так, в случае первично-множественных раков молодого возраста, которые не диагностируются, нужно делать секвенирование полного генома, а не клинического экзома. Однако в основном идет речь о панелях на гены-кандидаты. Для генных панелей NGS есть типичные задачи, например, секвенирование определенных экзонов и выявление мутаций. Нужно ли для каждого онкологического синдрома разрабатывать панели NGS? Здесь необходим дифференцированный подход: для синдрома Линча, по мнению докладчика, нужно обязательно, в случае моногенных наследственных форм рака почки можно обойтись без них. А при наследственном раке желудка технологии NGS необходимы: важно сделать полное прочтение кодирующих последовательностей генов риска и прилегающих участков. «Ни у кого из онкологов не возникает сомнений, что NGS очень нужен», — подчеркнул докладчик. Не менее важная задача — анализ вторичных мутаций, когда опухоль «переключается» и уходит от терапии; в этом случае NGS позволит оперативно изменить лечение.

С новостями об успехах секвенирования третьего поколения выступила Луиза Ладбрук (отдел продаж Oxford Nanopore Technologies, Великобритания). Цель нанопорового секвенирования, как заявляет компания, — сделать возможным прочтение генома любого живого организма любым человеком в любых условиях. Его преимущество — возможность определять последовательности единичных молекул нуклеиновых кислот (не только ДНК, но и РНК). Докладчица сообщила, что в последний год были сделаны важные усовершенствования метода, улучшены условия анализа и алгоритмы обработки данных. Удалось повысить точность (с точностью были связаны основные претензии к нанопоровому секвенированию), достигнута рекордная длина рида — более 2200000 нуклеотидов.

Луиза Ладбрук коротко рассказала о приборах, которые предлагает компания, от MinION, который уже используют в России, до PromethION, способного прочитать 7 терабаз за 48 часов, а также перечислила плюсы технологии, важные для клинических применений: гибкость, чувствительность, многофункциональность и низкая цена. Технология подходит для исследования инфекций в полевых условиях (например, для наблюдений за распространением вируса Эбола), работы в лаборатории или больнице. Среди недавних достижений нанопорового секвенирования — диагностика полирезистентного туберкулеза с получением данных через 8 часов (в два раза быстрее, чем на MiniSeq), исследование транслокаций в раковом геноме. Есть проект по борьбе с вирусными болезнями кассавы — важного пищевого растения тропических регионов.

Георг Папотсойглу (Bionano Genomics, Сан-Диего, США) представил доклад о полногеномном картировании структурных изменений при онкологических и генетических заболеваниях с помощью технологий компании BioNano. Структурные вариации генома — транслокации, инверсии, вариации числа копий (CNV) — причина многих болезней, при этом экзомное секвенирование выявляет только меньшую их часть. Поскольку геном человека богат повторами, длина рида имеет значение, и в этом преимущество BioNano.

Принцип метода следующий: экстракция длинных ДНК, мечение флуоресцентными метками определенных сайтов, линеаризация молекул на чипе и визуализация. По расположению меток программное обеспечение осуществляет сборку генома de novo, что позволяет разрешить конфликты между сборками NGS. Структурные варианты выявляются при сравнении геномов с референсами или друг с другом. Например, при миодистрофии Дюшенна (это редкое заболевание связано как раз со структурными вариациями) технология BioNano обнаружила инверсию длиной в 1 Mb, которую пропустили полногеномное секвенирование, ПЦР и секвенирование по Сэнгеру. Аналогичным образом выявлялись инверсии в солидных опухолях, делеция в 27 Mb при лейкемии.

В конце доклада Папотсойглу сообщил о стратегическом партнерстве между Bionano и Genoptix (ведущая лаборатория клинической онкологии в США, специализируется на гематологии и солидных опухолях)

Павел Натальин (Thermo Fisher Scientific, Москва) также рассказывал об использовании высокопроизводительного генетического анализа в диагностике. «Мы стараемся подбирать решения, которые будут оптимальными для тех или иных исследовательских задач», — заявил он. Компания Thermo Fisher недавно обновила линейку своих секвенаторов; Ion GeneStudio для полупроводникового секвенирования не уступает в производительности NextSeq от Illumina.

Затем Натальин остановился на применениях NGS в онкологии для выявления неспецифических мутаций и повышения эффективности терапии. Он рассказал о тест-системах Thermo Fisher — панелях для детской онкологии, жидкостной биопсии, иммуноонкологии. Предиктивной силы одиночных маркеров недостаточно для иммунотерапии, сложная среда опухоли требует мультимаркерного подхода, подчеркнул докладчик, а поскольку терапия дорогостоящая, использовать тест перед терапией выгодно и в финансовом отношении.

Кроме высокопроизводительного секвенирования, есть ДНК-микрочипы. Эти технологии обнаруживают разные типы мутаций: NGS выявляет инсерции и делеции, микрочипы осуществляют анализ копийности высокого разрешения, генотипирование. Среди продуктов Thermo Fisher, упомянутых докладчиком, — тест-система для обнаружения носительства различных наследственных заболеваний, чипы для упреждающей фармакогеномики, которые позволяют заранее установить, можно ли пациенту с конкретным типом метаболизма назначить, например, кодеин.

Доклад Владимира Сурвило (АО «ГенТерра», Москва) был посвящен не секвенированию, а размерно-селективному выделению нуклеиновых кислот из клинических и биологических образцов. «Химические реагенты для молекулярной биологии — область, где химия вещества сталкивается с химией одной молекулы», — сказал докладчик. При этом взаимодействие молекулы с веществом мало изучено, потому что каждый исследователь — или химик, или биолог, и никто не стремится в чужую область.

Для магнитной сепарации биомолекул используют магнитные сорбенты — нанокомпозиты с парамагнитными свойствами, способные обратимо сорбировать биомолекулы. Сорбенты от различных производителей сильно отличаются друг от друга, поскольку применяются разные методы синтеза. Как сообщил докладчик, один из пионеров выделения ДНК использовал магнитные частицы с магнитофонных пленок. ДНК на сорбенте иммобилизуется за счет взаимодействий двух типов: электростатического или физико-химического; эти процессы конкурируют и осложняют жизнь производителям. Докладчик рассказал о магнитных сорбентах ExtraGen компании «ГенТерра». Это частицы на основе оксида железа и оксида кремния, с помощью которых можно разделять различные по массе фрагменты ДНК, например, при подготовке библиотек для NGS.

Темой доклада Анны Сперанской (ЦНИИЭ, МГУ им. М.В. Ломоносова; Сколковский институт науки и технологий, Москва) было определение происхождения меда с помощью высокопроизводительного секвенирования ДНК-баркодов. Докладчица объяснила, почему они выбрали продукт растительного, а не животного происхождения: «Мы используем метагеномные подходы, а у них общий минус: очень сложно подобрать контрольные образцы. Непонятно, почему мы ничего не видим, потому что там ничего нет или потому что не тест работает?» Контроли для исследования получили благодаря контактам с ботаническим садом и гербарием МГУ.

NGS-технологии позволяют определить, соответствуют ли истине заявления продавца о том, что мед у него «ивовый», «липовый», «гречишный». Даже честный фермер называет свой мед липовым только потому, что во время сбора цвела липа, а фактически он может быть собран с клевера. Бывают и прямые фальсификации, например, вместо целебного «кураевого» меда продают подсолнечниковый, взбитый до крем-меда и с добавкой одорантов. Классический метод анализа — микроскопия пыльцы: мед считается монофлерным, если содержит не менее 30% пыльцы одного вида. Однако определение растений по пыльце до вида — сложная задача. В отличие от пыльцевого метода, ДНК-баркодинг не требует высокой квалификации, кроме того, анализ ДНК может заменить и микробиологическое исследование.

Докладчица отметила сложности с подготовкой образцов, особенно из фальсифицированного меда, рассказала о том, как проверяли воспроизводимость на продукте с достоверно известным происхождением, об ошибках в открытых базах геномной информации NCBI. Как сообщила Сперанская, для своих целей они создали собственную базу данных на основе NCBI, очистив ее от неверно аннотированных последовательностей.

Мы попросили соведущего секции Камиля Хафизова поделиться впечатлениями о том, как она прошла, что изменилось по сравнению с предыдущими конференциями.

«Раньше формировать секцию было намного проще, — сказал он, — поскольку все, что касалось технологии высокопроизводительного секвенирования, NGS, автоматом шло к нам. Был бешеный интерес, вместо одной секции сделали две. В этот раз ситуация иная: поскольку эти технологии перестают быть чем-то сверхновым, а входят в различные области медицины, многие доклады отдали в другие секции. А мы попытались создать такую секцию, где рассказывалось о чем-то новом и необычном. Интерес был значительный, я был даже удивлен, что народ пришел так рано утром».

Молекулярно-генетические исследования в диагностике, эпидемиологии и лечении туберкулеза

На секции было рассмотрено актуальное состояние вопроса молекулярно-генетических исследований, применяемых в различных областях исследований микобактерий туберкулеза.

Доклад «Молекулярно-генетические методы в этиологической диагностике и системе эпиднадзора за туберкулезом» был представлен руководителем научной группы разработки новых методов диагностики туберкулеза ЦНИИ эпидемиологии Роспотребнадзора (Москва) Марией Альварес Фигероа.

В докладе были рассмотрены вопросы законодательного обеспечения применения молекулярно-генетических методов в клинической лабораторной практике разных стран, включая РФ. Кроме того были представлены экспериментальные результаты применения разработанных в ЦНИИ эпидемиологии наборов реагентов для выявления, видовой дифференциации M. tuberculosis complex и определения мутаций, ассоциированных с устойчивостью к противотуберкулезным препаратам рифампицин и изониазид.

Затем был доклад заведующей референс-лаборатории Елены Николенко (Минск) «Применение молекулярных методов в диагностике туберкулеза в Республике Беларусь», в котором были представлены отчетные данные о состоянии и развитии лабораторной службы.

В Республике Беларусь в настоящий момент применяется набор реагентов Xpert MTB/RIF (США). Практически происходит организация централизованной противотуберкулезной лабораторной службы. Всем больным, помимо традиционных микробиологических исследований, проводят исследование для выявления и определения чувствительности к противотуберкулезным препаратам рифампицин и изониазид.

В докладе «Генетическое разнообразие и молекулярная детекция профиля резистентности M. tuberculosis» Данилы Зименкова, научного сотрудника Института молекулярной биологии РАН (Москва), рассмотрены фундаментальные вопросы, связанные с формированием феномена резистентности к противотуберкулезным препаратам первого, второго и резервного рядов для лечения туберкулеза. Докладчик представил сравнительные экспериментальные данные, полученные при анализе микобактериальных штаммов, изолированных на территории г. Москвы и Тайваня.

Доклад «Клональные комплексы М. tuberculosis генотипа Beijing на территориях Северо-Запада России, граничащих со странами Европейского союза» научного сотрудника НИИ эпидемиологии и микробиологии имени Пастера (Санкт-Петербург) Анны Вязовой был посвящен циркулирующему на исследуемой территории доминирующему генотипу M. tuberculosis. Проведен сравнительный анализ штаммов в 4 регионах.

Последний доклад «Молекулярные механизмы устойчивости микобактерий к имидазо [1,2-b][1,2,4,5] тетразинам» научного сотрудника Института общей генетики (Москва) Дмитрия Маслова отражал результаты научного исследования по определению свойств и выбору наиболее оптимального химического соединения, которое является кандидатом для последующего создания лекарственной формы нового противотуберкулезного препарата.

Молекулярные методы диагностики в трансфузиологии и трансплантологии

С докладом о молекулярных методах в трансфузиологии выступил академик РАЕН Евгений Жибурт (Национальный медико-хирургический центр имени Н.И. Пирогова» МЗ РФ, Москва). Опытом работы поделилась Аида Турганбекова, заведующая лабораторией иммунологического типирования тканей НПЦ трансфузиологии МЗ Республики Казахстан (Астана).

Мария Злотникова (Республиканский НПЦ трансфузиологии и медицинских биотехнологий, Минск) рассказала о внедрении методов молекулярно-генетического типирования в лабораторное сопровождение трансплантации органов и тканей. Гены, кодирующие HLA (human leucocyte antigens) I и II классов расположены в коротком плече шестой хромосомы. Во многих случаях важны также другие антигены – MICA. Докладчица кратко остановилась на методах типирования SSP (Sequence Specific Primers, т.е. ПЦР с использованием аллель-специфических праймеров) и SSO (ПЦР, где для детекции применяется гибридизация ампликонов с олигонуклеотидными зондами), упомянула также методы определения антител к HLA.

Как сообщила докладчица, в РНПЦ проведено 359 исследований доноров, в основном доноров почек, 99 потенциальных доноров сердца. Число типирований постоянно растет, как и число трансплантаций. Важен не только поиск подходящего донора для пациента, но и посттрансплантационный мониторинг. Современные методы улучшают качество жизни реципиента и увеличивают период жизни транплантата. В заключение Злотникова отметила, что Беларусь входит в топ-20 мировых лидеров этой области медицины.

Тему продолжил доклад Геннадия Семенова (Республиканский НПЦ трансфузиологии и медицинских биотехнологий, Минск), посвященный молекулярно-генетическим методам в практике HLA-типирования доноров гематопоэтических стволовых клеток. Он отметил, что современные представления о HLA развились в целую науку: ими занимаются иммуногенетика, популяционная генетика, изучается их связь с болезнями, их роль в репродукции, в трансплантации.

При онкогематологических заболеваниях родственно совместимого донора удается найти только в 30% случаев, остальным нужен неродственный. Цель исследования, которое проводится в РНПЦ, — создать республиканский регистр доноров костного мозга. В качестве потенциальных доноров рассматриваются доноры крови и волонтеры. Первые имеют ряд преимуществ: уже состоят на учете, их здоровье контролируется, они ведут здоровый образ жизни.

Чтобы подсчитать вероятность нахождения донора для определенного реципиента, важно определить частоты встречаемости в популяции тех или иных HLA-типов. Пока не обнаружено корреляций с этническими группами (были исследованы жители западной Европы, восточнославянские и западнославянские популяции). Как сообщил докладчик, в базу данных регистров на сегодня включено более 20 тыс. доноров, типированных по I и II классам HLA.

Владимир Еремин (Республиканский НПЦ трансфузиологии и медицинских биотехнологий», Минск) подробно рассказал о выявлении ВИЧ, вирусов гепатита В, С в донорской крови. Он отметил, что проблему для диагностики представляют мутантные формы. Необходимо также понимать, что для каждого возбудителя существует диагностическое окно — определенный период с момента инфекции, когда эффективен тот или иной тест. Докладчик отметил, что доминирующим становится половой путь трансмиссии, следовательно, более вероятно инфицирование молодых и здоровых людей — потенциальных доноров, и уже были случаи инфицирования через кровь. Инфицирование должно подтверждаться только методами молекулярной эпидемиологии. Особое значение имеют мутации резистентности у опасных возбудителей, а также vaccine-escape мутации у пациентов с ВГВ-инфекцией. Докладчик подчеркнул, что в нынешней ситуации служба крови должна иметь современное оборудование и идеальную документацию.

Виталий Чеботкевич (Российский НИИ гематологии и трансфузиологии ФМБА, Санкт-Петербург) сделал сообщение о молекулярных методах диагностики бактериальных инфекций в донорской крови и начал выступление с похвалы белорусским коллегам. Затем акцентировал внимание на отличиях бактерий от вирусов: их минимальная опасная концентрация в крови ниже оптимума для анализа; многие бактерии способны размножаться в крови, хотя скорость размножения у разных видов различна. Золотым стандартом остаются бактериологические методы, но также важны NAT-методы скрининга (амплификация нуклеиновых кислот). Амплифицируются участки генов рибосомной 16S, 23S РНК, чувствительность составляет 100—1000 КОЕ/мл, результат можно получить через 3–4 часа. Возможны ложноположительные результаты из-за ДНК бактерий, убитых стерилизацией. И наконец, нет точных данных о том, какое количество осложнений связано с бактериальной инфекцией. Существуют коммерческие тесты, например SepsiTest компании MolZym, позволяющий анализировать ДНК патогенов в крови, однако стоимость его высока, и в РФ он не зарегистрирован.

Федор Карпенко (Республиканский НПЦ трансфузиологии и медицинских биотехнологий, Минск) рассказал о том, как обеспечивается инфекционная безопасность продуктов крови в Беларуси. Он отметил, что молекулярные методы позволяют резко снизить количество ложноотрицательных результатов анализа. Также он остановился на современных технологиях инактивации вирусов в гемокомпонентах и подчеркнул, что в педиатрической практике желательно использовать именно их.

На секции «Молекулярно-биологические методы в изучении инфекционной патологии желудочно-кишечного тракта» были заявлены доклады:

Наталья Поклонская (Республиканский НПЦ эпидемиологии и микробиологии, Минск): «Молекулярная эпидемиология кишечных вирусных инфекций в Республике Беларусь».

Тамара Амвросьева (Республиканский НПЦ эпидемиологии и микробиологии, Минск): «Алгоритм молекулярно-эпидемиологического расследования кишечных вирусных инфекций, связанных с оказанием медицинской помощи».

Александр Подколзин (ЦНИИЭ Роспотребнадзора, Москва): «Молекулярная эпидемиология диарейных инфекций в Российской Федерации».

Людмила Голицина (Нижегородский НИИ эпидемиологии и микробиологии им. И.Н. Блохиной): «Энтеровирусная инфекция в Российской Федерации. Прогноз и реальность».

Евгений Воропаев (Гомельский государственный медицинский университет): «Молекулярно-генетические факторы реализации канцерогенного потенциала Helicobacter pylori».

Елена Самойлович (Республиканский НПЦ эпидемиологии и микробиологии, Минск): «Молекулярно-эпидемиологический мониторинг ротавирусной инфекции в Республике Беларусь».

Елена Козишкурт (Одесский национальный медицинский университет): «Клинико-эпидемиологическое значение генетического разнообразия ротавирусов, циркулирующих на юге Украины».

На секции «Внутрибольничные инфекции и проблемы антибиотикорезистентности микроорганизмов» были заявлены доклады:

Марина Сухорукова (НИИ антимикробной химиотерапии, Смоленский государственный медицинский университет МЗ РФ): «Бактериальные возбудители нозокомиальных инфекций в РФ: структура и динамика антибиотикорезистентности».

Михаил Эйдельштейн (НИИ антимикробной химиотерапии, Смоленский государственный медицинский университет МЗ РФ): «Возможности мониторинга антибиотикорезистентности возбудителей нозокомиальных инфекций, клонов «высокого риска» и генетических детерминант антибиотикорезистентности с использованием новых интернет-ресурсов».

Дмитрий Тапальский (Гомельский государственный медицинский университет, Институт радиобиологии НАН Беларуси): «Карбапенемазы грамотрицательных бактерий: значение, методы детекции, распространенность в Беларуси».

Дирк Маурер (Curetis AG, Германия, Ульм): «Новые возможности быстрой автоматизированной молекулярно-генетической диагностики госпитальных инфекций».

Дмитрий Шагин (ЦНИИЭ Роспотребнадзора, Москва): «Применение высокопроизводительного секвенирования для генетической идентификации госпитальных штаммов Klebsiella pneumoniae».

Юлия Савочкина (ЦНИИЭ Роспотребнадзора, Москва): «Выявление наиболее значимых генетических маркеров антибиотикорезистентности возбудителей нозокомиальных инфекций методом ПЦР в реальном времени».

САТЕЛЛИТНЫЕ СЕКЦИИ

Глобал Ген

«Флороценоз» — комплексный подход к диагностике урогенитальных инфекций у женщин репродуктивного возраста

Павел Рыжих («ИнтерЛабСервис», Москва): «Комплекс ПЦР-тестов «Флороценоз» в диагностике урогенитальных инфекций у пациенток репродуктивного возраста».

Наталья Тапильская (Санкт-Петербургский государственный педиатрический университет): «Тактика лечения пациенток с учетом результатов теста «Флороценоз».

Елена Кириллова (Белорусский государственный медицинский университет, Минск): «Опыт применения комплекса ПЦР-тестов «Флороценоз» в акушерско-гинекологической практике».

БЕЛРЕАМЕД

Современные решения для проведения цервикального скрининга

Павел Рыжих («ИнтерЛабСервис», Москва): «ВПЧ-тесты нового поколения для скрининга рака шейки матки».

Юлия Филиппова (ВЦЭРМ им. А.М. Никифорова МЧС России, Санкт-Петербург): «Клинико-лабораторное обоснование применения ВПЧ-тестов АмплиСенс».

Наталья Шевченко (Республиканский научно-практический центр радиационной медицины и экологии человека, Гомель): «Результаты скрининга на ВПЧ женщин, проживающих в Гомельской области».

SkyGen

Инновационные решения от компании «СкайДжин» — от фундаментальных исследований к решению прикладных задач

Кермен Болаева (ООО «СкайДжин», Москва): «Пиросеквенатор PyroMark Q48: использование метода пиросеквенирования для анализа метилирования и мутаций, сцепленных с онкозаболеваниями».

Кермен Болаева (ООО «СкайДжин», Москва): «Решения для редактирования генома при помощи протокола CRISPR/Cas9 от New England Biolabs».

Григорий Аникин (ООО «СкайДжин», Москва): «Автоматическая пробоподготовка для платформы Illumina для анализа экспрессии генов единичных клеток от 10x Genomics».

DIAGEN

Молекулярные методы диагностики состояний кишечника

Александр Коляда (DIAGEN, Киев): «Микробиом кишечника в норме и при патологии».

Владислав Мосейко (DIAGEN, Киев): «Молекулярные методы анализа микробиома кишечника».

Елена Соляник (DIAGEN, Киев): «Молекулярные методы анализа протозойных и глистных инвазий человека».

Глобал Ген

Готовое решение для автоматизации исследований компонентов донорской крови на базе станции Microlab STARlet

Илья Лаповок (ЦНИИ Эпидемиологии Роспотребнадзора, Москва): «Характеристики диагностических наборов «АмплиСенс», предназначенных для молекулярного тестирования на наличие возбудителей гемотрансмиссивных инфекций».

Егор Колонтаевский («ИнтерЛабСервис», Москва): «Автоматизация этапов молекулярно-биологического тестирования донорской крови на базе станции Microlab STARlet».

Елена Доронина («ИнтерЛабСервис», Москва): «Информационная система для управления процессами молекулярно-биологического тестирования донорской крови».

440
0
Лидеры мнений
Лидеры отрасли
  • FUTURE
    13
САМЫЕ ОБСУЖДАЕМЫЕ ТЕМЫ ФОРУМА
Поиск материалов по тегам