Концепция «молекулярных часов» предполагает, что скорость накопления мутаций в геномах примерно постоянна и по ней можно оценить время эволюционных событий. Для этого используется, в частности, байесовский подход, позволяющий построить филогенетическое дерево по исходным данным. Метод применим и для макроэволюционных процессов, и на коротких промежутках времени, для быстро эволюционирующих РНК-вирусов. С его помощью можно, в частности, предсказывать темпы развития эпидемии. На начальном этапе вспышки лихорадки Эбола скорость эволюции вируса оценивалась как весьма высокая, что вызывало беспокойство: не появится ли еще более смертоносный вирус? Авторы работы, опубликованной в PNAS, показали, что причиной завышенных оценок скорости эволюции могут быть методологические отклонения и предложили способ, который позволит избегать их в будущем.
Исследователи использовали модели, а также реальные данные по изолятам вируса Эбола, собранным в Гвинее и на ранних стадиях вспышки — в Сьерра-Леоне. Если рассматривать короткие промежутки времени, число мутаций может оказаться непропорционально большим из-за того, что очищающий отбор еще не успел отсеять слабовредные мутации. На большем промежутке времени эти мутации исчезнут и никакой ускоренной эволюции не будет. Но, как показали авторы работы, причиной могут быть и методологические отклонения, которые проявляются как в моделях, так и при обработке реальных данных. При моделировании важно учитывать и «внешние» факторы, такие как структура населения.
Источник
Simon Möller, Louis du Plessis, Tanja Stadler. // Impact of the tree prior on estimating clock rates during epidemic outbreaks. // PNAS April 2, 2018. 201713314; published ahead of print April 2, 2018. DOI: 10.1073/pnas.1713314115
Показать все 0 комментария