address2arrow-email-sendarrow-rightbtn-right-arrowbubbleclosecomment-arrow-answerenvelopeeyefriendshamburgerheartHeart copy 26heart-emptyhomehumanlikelk-bubblelk-eyeHeart copy 26lk-pencilloginnav-editnav-eyenav-newsnav-starnav-userloginnext-arrow-rightpagination-lastpagination-nextShape 19 copysearchstarstar-fulluserBriefcaseCard
15 Сентября, 2017

Секвенатор MinION уже в России

Александр Предеус из Института биоинформатики и Виктор Старунов из Санкт-Петербургского государственного университета рассказали о своем опыте использования секвенатора MinION. Объектом исследования выбрали пресноводную мшанку Cristatella mucedo.

Фото: Oxford Nonopore

Секвенатор MinION уже в России

Фото: Oxford Nonopore

Подготовила Вера Животова

MinION — секвенатор третьего поколения от компании Oxford Nanopore Technologies, в основе его работы лежит использование белковой поры, через которую протягивают нить ДНК, и сенсора, улавливающего конформационные изменения поры. Технология позволяет секвенировать ДНК, РНК, а также исследовать профиль метилирования. Однако у нанопорового секвенирования есть существенный недостаток — высокий процент ошибок. В связи с этим опыт исследователей, применяющих секвенаторы Oxford Nanopore в работе, важен для научного сообщества.

новость_нанопора_1.jpg

Нанопора и принцип работы секвенатора.

Так ли непреодолим высокий уровень ошибок для технологий секвенирования третьего поколения? В своих заметках Александр Предеус и Виктор Старунов поясняют: “Действительно, все методы третьего поколения отличаются весьма значительным (10–15%) процентом ошибок. Однако это не беда: дело в том, что при достаточной случайности ошибок подавляющее их большинство можно скорректировать достаточным покрытием. Даже в случае ошибки в 15%, достаточно 20–30 кратного покрытия, чтобы довести точность идентификации нуклеотида до >99%”.

С другой стороны разработчики из Oxford Nanopore тоже не стоят на месте. 4 сентября 2017 на сайте компании сообщили о выпуске нового ПО (basecaller) Albacore v2.0.1. Новая версия программы генерирует последовательность ДНК или РНК непосредственно из сырых данных, минуя этап предобработки, что позволит повысить точность прочтения нуклеотидов и отличать более длинные гомополимеры.

новость_нанопора_2.JPG

Рост точности секвенирования по технологии Oxford Nanopore

На 17 сентября 2017 г. в PubMed можно найти 101 статью, упоминающую секвенатор MinION, но, к сожалению, среди них пока нет ни одной работы выполненной в нашей стране. Мы с нетерпением будем ждать дальнейших отчетов Александра Предеуса и Виктор Старунов о практических аспектах работы с секвенатором и, конечно, о сборке первого генома мшанки.

новость_нанопора_3.jpg

Пресноводная мшанка Cristatella mucedo

Источник

Группа Института биоинформатики


12501
0
Лидеры мнений
Лидеры отрасли
  • FUTURE
    13
САМЫЕ ОБСУЖДАЕМЫЕ ТЕМЫ ФОРУМА
Поиск материалов по тегам