address2arrow-email-sendarrow-rightbtn-right-arrowbubbleclosecomment-arrow-answerenvelopeeyefriendshamburgerheartHeart copy 26heart-emptyhomehumanlikelk-bubblelk-eyeHeart copy 26lk-pencilloginnav-editnav-eyenav-newsnav-starnav-userloginnext-arrow-rightpagination-lastpagination-nextShape 19 copysearchstarstar-fulluserBriefcaseCard
29 Октября, 2018

Полногеномное секвенирование показало разнообразие вирусов Зика

Команда, возглавляемая исследователями из Института Крейга Вентера (JCVI), получила высококачественные последовательности геномов 16 штаммов вируса Зика (ZIKV) из Африки и Азии. Эта работа будет полезна для анализа штаммов, изолированных во время последней вспышки лихорадки Зика в Южной Америке, Центральной Америке, Карибском бассейне и на юге США.

Credit: Tacio Philip Sansonovski - Dreamstime.com

Credit: Tacio Philip Sansonovski - Dreamstime.com

Подготовила Елена Клещенко

Штаммы ZIKV были получены из Американской коллекции типовых культур (American Type Culture Collection BEI Resources), созданной при поддержке Национального института аллергии и инфекционных заболеваний. Используя быструю 3'-амплификацию концов комплементарной ДНК (rapid amplification of complementary DNA ends, RACE) секвенирование, и сравнение с 90 общедоступными последовательностями ZIKV ранее известных штаммов, они аннотировали новые геномы и выстроили консенсусные последовательности для нескольких вирусных линий.

Работа также позволила выявить незначительные изменения и доказательства давления отбора на вирус, а также восстановить исторические связи между штаммами из разных уголков мира. Авторы отметили, что рекомбинация, по-видимому, не играет существенной роли в эволюции вируса, зато доказательства действия отбора присутствуют в генах всех вирусных белков, которые подвергаются воздействию иммунной системы хозяина.

Исследователи использовали обратную транскрипцию, чтобы получить комплементарную ДНК из 16 образцов, содержащих РНК ZIKV, затем проводили количественную ПЦР в реальном времени. Набор гтаммов включал четыре изолята из африканской линии ZIKV и 12 образцов из азиатской линии, в том числе образцы, собранные во время текущей вспышки. Затем они сделали для консенсусных последовательностей ZIKV несколько наборов ПЦР-праймеров и секвенировали полученные ампликоны на MiSeq (Illumina) и методом Сэнгера.

Вместе с данными 3'- RACE и ранее полученными последовательностями 90 ZIKV, новые секвенированные, собранные и аннотированные геномы позволили выявить незначительные вариации, вставки, делеции и рекомбинационные события в вирусных геномах.

Филогенетические связи штаммов команда рассматривала на основе последовательностей, кодирующих полипротеин вируса, в полной коллекции секвенированных ZIKV. Были идентифицированы линии, объединяющие штаммы из Восточной и Западной Африки, а также азиатская линия, которая отделилась от африканской примерно в XVII веке. Последний общий предок всех африканских штаммов существовал в конце XVIII века, всех азиатских — еще в конце XIX века, и среди азиатских обнаружена группа тесно связанных между собой штаммов, ответственных за нынешнюю вспышку. Возможно, штаммы, принадлежащие к азиатской линии лучше подошли бы как модель для изучения нынешней вспышки, чем восточноафриканская MR-766, которая используется сейчас в качестве референсной, замечают авторы. Случаи, когда геномы бразильских вирусов оказывались близкими к штаммам, полученных от туристов, предположительно заразившихся в Италии, говорит о возможном трансантластическом переносе вируса.

Авторы не увидели кластеров ZIKV, соответствующих видам-хозяевам, что, по их мнению, соответствует биологии вируса, для которого характерны непрерывное циркулирование между приматами и москитами и сравнительно редкая передача от примата к примату. Однако они отметили, что почти во всех случаях последовательности группируются соответственно географическому происхождению вируса.

Эти данные, заключают авторы, могут быть полезны при разработке и проведении будущих сравнительных исследований, направленных на лучшее понимание патогенеза, нейротропизма, распространения, возможного лечения и профилактики ZIKV.

Источник

Susmita Shrivastava et al. // Whole genome sequencing, variant analysis, phylogenetics, and deep sequencing of Zika virus strains // Scientific Reports volume 8, 15843 (2018) DOI: 10.1038/s41598-018-34147-7

61
0
Лидеры мнений
Лидеры отрасли
  • FUTURE
    13
САМЫЕ ОБСУЖДАЕМЫЕ ТЕМЫ ФОРУМА
Поиск материалов по тегам