address2arrow-email-sendarrow-rightbtn-right-arrowbubbleclosecomment-arrow-answerenvelopeeyefriendshamburgerheartHeart copy 26heart-emptyhomehumanlikelk-bubblelk-eyeHeart copy 26lk-pencilloginnav-editnav-eyenav-newsnav-starnav-userloginnext-arrow-rightpagination-lastpagination-nextShape 19 copysearchstarstar-fulluserBriefcaseCard
30 Октября, 2018

Новый подход к жидкой биопсии: анализ концевых участков ДНК

Предложен метод выявления опухолевой ДНК в крови, основанный на анализе концов фрагментов ДНК, а не на поиске онкогенных мутаций.

Credit: Katerynakon | Dreamstime.com

Credit: Katerynakon | Dreamstime.com

Подготовила Елена Клещенко

Исследованием руководил Деннис Ло из Китайского университета в Гонконге, который впервые разработал множество других методов жидкой биопсии и в коллаборации с американской компанией Grail занимается коммерциализацией теста на вызванные вирусами раки головы и шеи. Авторы работы анализировали образцы плазмы из когорт пациентов, страдающих раком печени, гепатитом, а также тех, кто перенес трансплантацию печени. Они сделали заключение, что характеристика концов фрагментов ДНК в крови может быть маркером рака.

Исследователи сначала описали подход, который они разработали, чтобы обнаружить в плазме крови пул мутаций, ассоциированных с раком. Они использовали различные методы биоинформатики, чтобы отличать связанные с раком изменения от мутаций в зародышевых клетках или других неопухолевых источниках измененной ДНК. Затем они попытались идентифицировать другие маркеры рака, помимо мутаций, например, паттерны метилирования ДНК, положение нуклеосом и, для некоторых типов рака, обнаружение ДНК опухолеобразующих вирусов.

Недавно было показано, что фрагментация внеклеточной ДНК происходит неслучайным образом, в частности, существуют паттерны фрагментации, специфичные для рака. Используя образцы плазмы, полученные от небольшой группы реципиентов трансплантата печени, исследователи установили, что концы молекул внеклеточной ДНК, происходящих из печени, чаще приходятся на определенные точки в геноме по сравнению с другими типами внеклеточной ДНК. Затем они сравнили данные секвенирования для когорт пациентов с гепатоцеллюлярной карциномой и с хроническим гепатитом В и обнаружили миллионы опухолеспецифических концов ДНК.

По данным авторов, преобладание в крови молекул ДНК с такими концами тесно коррелирует с фракциями опухолевой ДНК. Поэтому подход, основанный на анализе концевых участков, поможет создать более дешевый метод выявления рака с помощью жидкой биопсии, чем те методы, что основаны на поиске мутаций. Для нового метода можно адаптировать многие стратегии детекции, разработанные ранее. Комбинация поиска соматических мутаций и ассоциированных с опухолью концевых координат ДНК способна существенно повысить чувствительность жидкой биопсии, заключают авторы..

Ло и коллеги сообщили, что на основе результатов, представленных в статье, они подали заявки на патенты. Несколько авторов статьи, в том числе сам Ло, получают финансирование от Grail, владеют акциями компании или являются ее консультантами. Компания пока не сообщает, планирует ли она включать анализ концевых координат фрагментов ДНК в свою программу развития ранних тестов на онкозаболевания.

Источник

Peiyong Jiang et al. // Preferred end coordinates and somatic variants as signatures of circulating tumor DNA associated with hepatocellular carcinoma // PNAS USA 2018 DOI: 10.1073/pnas.1814616115

70
0
Лидеры мнений
Лидеры отрасли
  • FUTURE
    13
САМЫЕ ОБСУЖДАЕМЫЕ ТЕМЫ ФОРУМА
Поиск материалов по тегам