Геномный анализ выявил новый коронавирус у свиней

Подготовила Надежда Кузнецова

Вспышка среди поголовья свиней началась в конце октября 2016 года на ферме в китайской провинции Гуандун. Заболевание протекало в виде острой тяжелой диареи и рвоты у поросят, что приводило к быстрой потере веса и гибели в течение нескольких дней. Уровень смертности среди поросят в возрасте 5 и менее дней составил 90%. Взрослые животные переболевали в легкой форме и быстро восстанавливались. В конечном итоге от вспышки пострадало 4 фермы, на которых к маю 2017 года погибло 24 693 поросят.

Вирус эпизоотической диареи свиней (PEDV, коронавирус) вызвал предыдущие вспышки на этой ферме и был обнаружен в кишечнике умерших поросят в начале вспышки. Тем не менее, PEDV перестал обнаруживаться у умерших поросят после 12 января 2017 года, несмотря на рост смертности, а поиски других известных патогенов свиней не дали никаких результатов.

Тогда исследователи взяли образец из кишечника мертвого поросенка для метагеномного анализа. В целом они произвели 15,3 млн. прочтений, из которых чуть более 4000 соответствовали последовательностям коронавируса летучих мышей HKU2-CoV. Этот вирус впервые был обнаружен у подковоносых летучих мышей в Гонконге и провинции Гуандун.

Сборка полного генома вируса, его анализ и сравнение с геномами других коронавирусов показали, что HKU2-CoV не является прямым предшественником SADS-CoV, а наибольшее сходство SADS-CoV имеет со штаммами коронавирусов, выделенных от подковоносых летучих мышей Rhinolophus affinis.

Кроме того авторам удалось получить живую культуру вируса на клетках Vero, что позволило им провести тесты на животных и доказать способность вируса SADS-CoV вызывать заболевание.

Руководитель работы Цзин-Юнь Ма (Jing-Yun Ma) из Южно-Китайского сельскохозяйственного университета и его соавторы пишут в статье, что «исследование подчеркивает важность обнаружения новых вирусов в дикой природе и целенаправленного эпиднадзора в ответ на возникающие инфекционные заболевания, а также огромную значимость летучих мышей как резервуаров вирусов, угрожающих здоровью людей и животных».

Источник

Zhou P et al. // Fatal swine acute diarrhoea syndrome caused by an HKU2-related coronavirus of bat origin. // Nature. 2018 Apr; 556(7700):255-258. Epub 2018 Apr 4., DOI: 10.1038/s41586-018-0010-9